首先，发行体制不合理。目前的股票发行核准制行政色彩较浓，市场中介的作用不能充分发挥。对债券而言，其审核主体的差异性，也在一定程度上阻碍了债券市场的发展。
其次，交易机制有待完善。目前的中国股票市场没有做空机制，其市场发现功能有待进一步提高。与成熟市场相比，中国股票市场交易成本较高。另外，银行间债券市场、交易所债券市场及银行柜台债券市场相互连通不够，效率较低。
第三，登记结算的法规制度和风险管理体系亟待完善。由于历史原因，目前上海、深圳证券交易所的登记结算技术系统仍然相互独立，而这也增加了跨市场创新产品推出的技术难度。
第四，市场分割降低了资本市场的有效性。目前中国股票市场分为A股市场、B股市场、香港红筹股和H股，债券市场分为银行间债券市场、交易所债券市场和银行柜台交易市场。
上市公司整体实力有待提高
首先，上市公司对国民经济的代表性不足。2006年下半年以来，银行、保险、铁路等行业的一些大型企业陆续在境内发行上市，这在一定程度上改善了股票市场结构，但总体而言，目前中国股票市场上绩优大盘蓝筹股仍然偏少。
其次，公司治理水平有待提高。这表现在部分上市公司的控股股东直接干预上市公司事务；公司治理结构流于形式，部分国有上市公司所有者缺位，部分上市公司高管勤勉尽责意识淡薄等。
第三，市场化筛选机制有待完善。一方面现有退市制度缺乏足够灵活性，退市标准过于单一，这不利于多层次资本市场的形成。另一方面，市场化的收购兼并机制还有待完善。